De Douane en Skal werken nauw samen op het gebied van controles van inspectiecertificaten. Er zijn 3 verschillende controles op biologische inspectiecertificaten.
Op elk biologisch inspectiecertificaat vindt een documentcontrole plaats. De overeenstemmingscontrole wordt aselect en steekproefsgewijs uitgevoerd. Ook de materiële controle vindt steekproefsgewijs plaats op producten waarbij er een groter risico is op het niet voldoen aan de eisen. Op nationaal niveau en op EU-niveau wordt een lijst opgesteld van zogenaamde hoog-risicoproducten.
Als er geen O- en M-controles plaatsvinden, wordt de documentencontrole uitgevoerd door de Douane, gelijktijdig met de behandeling van de aangifte voor het vrije verkeer. Het COI wordt in dat geval geviseerd door de Douane.
Bij een O- en M-controle van hoog-risicoproducten van de EU lijst doet Skal de documentencontrole, voorafgaand aan het indienen van de aangifte voor het vrije verkeer. Het COI wordt in dat geval geviseerd door Skal.