De missie van Skal is om bij te dragen aan de betrouwbaarheid van de Nederlandse biologische sector en daarmee aan een betrouwbaar biologisch product voor de consument. Dit geeft Skal vorm door duidelijk te informeren, bedrijven te certificeren en adequaat toezicht te houden op de naleving van de biologische wetgeving.
De visie van Skal is om in de uitvoering van haar wettelijke taken te werken in verbinding met de sector vanuit de biologische waarden: gezondheid, ecologie, eerlijkheid en zorgzaamheid.